Velešín patříval mezi významné zastávky na dálkových trasách formanů dopravujících zboží z jihu na sever a naopak. To se změnilo, když byla zřízena koňská dráha z Budějovic do Lince, která dopravovala náklady mnohem levněji. Stavba koněspřežky, kterou projektoval a zpočátku i řídil František Antonín Gerstner, byla zahájena v roce 1825 a dokončena roku 1830. Provoz na severním úseku trati ale začal již 30. září 1828. Osobní vlak projel trať v délce 128 km za 12 hodin, doprava nákladu trvala tři dny. Nejbližší stanice byla na Holkově, kde se v přepřažní a staniční budovu změnila původní zájezdní hospoda. V terénu kolem Velešína se z koněspřežky dodnes zachovaly zbytky náspu či zářezu, spatřit je možno také můstky – jeden v těsném sousedství silnice E55, druhý poblíž zastávky Velešín-městys (po pravé straně nynější trati ve směru na Horní Dvořiště).
Koněspřežku 1. října 1857 zakoupila společnost Západní dráhy císařovny Alžběty s cílem zřídit místo ní železnici pro parní provoz. S přestavbami se začalo roku 1868 a na české části byly dokončeny již v roce 1870. Někteří obyvatelé Velešína se báli ohrožení svého podnikání (a mnozí právem, například největší odpůrce parní železnice Josef Koidl, majitel zájezdního hostince u Němečků, později říkával: „Co jsem při formanech za jeden den měl čistého výdělku, to teď ani za celý týden neutržím.“). Hlavně ti, kteří chovali koně, odmítali prodat pozemky, po nichž měly být vedeny koleje. Nepřátelům železnice se nakonec podařilo dosáhnout toho, že nádraží, původně zamýšlené hned za městečkem, bylo postaveno na místě, kde se nachází dosud.